故事簡介
小智一行人繼續旅行，突然有隻巨大的小精靈在他們面前從天而降！著地的衝擊揚起了煙塵，而在當中出現的是夢幻小精靈波爾凱尼恩。波爾凱尼恩在遠離人煙的濃霧高原，與受過人類傷害的小精靈一起生活，並十分討厭人類。
波爾凱尼恩雖然不想理會小智一行人，立即離開現場，但是不知為什麼，連小智都被同時拉走。狂奔的波爾凱尼恩和被拖行的小智，原來在不知甚麼時候被一條奇怪的鎖鏈繫在一起，怎樣也無法分開。波爾凱尼恩在無可奈何之下，唯有拖著小智，向著「阿佐特王國」走去。
另一方面，在巨大齒輪不停轉動的超級機關都市阿佐特王國之中，大臣查維斯得到了一件尋找多年的究極發明品。那是五百年前在王國誕生，後來失去蹤影的人造小精靈瑪機雅娜，和隱藏在瑪機雅娜體內，被稱為「魂心」的未知力量。
查維斯密謀利用這種力量支配王國，波爾凱尼恩則誓要救回被人從濃霧高原帶走的瑪機雅娜！「人類果然是不能原諒！」
究竟連繫在一起的小智和波爾凱尼恩，能否合力救出瑪機雅娜呢？另外，「魂心」隱藏的真正力量又是甚麼呢？現在，寵物小精靈史上最熾熱的對戰即將展開！